Charakter współpracy pomiędzy promotorem a doktorantem jest zróżnicowany i zależy od formy realizacji pracy naukowej. Obecnie uzyskanie stopnia doktora jest możliwe zarówno w ramach kształcenia w szkole doktorskiej, jak i w trybie eksternistycznym. Szkoła doktorska umożliwia sformalizowaną i monitorowaną administracyjnie współpracę pomiędzy promotorem a doktorantem. Ustawodawca narzucił jednak pewne wymogi i nie każdy samodzielny pracownik naukowy może zostać promotorem a jedynie ten, który nie sprawował opieki nad 2 doktorantami którzy uzyskali negatywne recenzje lub wcześniej nie był promotorem 4 doktorantów, którzy zostali skreśleni z listy doktorantów z powodu negatywnego wyniku oceny śródokresowej. Regulamin Międzynarodowej Szkoły Doktorskiej (MSD) wskazuje na konieczność zachowania aktywności naukowej, tj. posiadania dorobku naukowego w postaci artykułów opublikowanych, w okresie 3 lat poprzedzających objęcie obowiązków promotora, w czasopismach naukowych posiadających wskaźnik cytowań Impact Factor lub w czasopismach naukowych albo recenzowanych materiałach z konferencji międzynarodowych, ujętych w wykazie ogłoszonym komunikatem ministra właściwego do spraw nauki. Doktorant musi natomiast pomyślnie przejść proces rekrutacyjny, podczas którego oceniane są jego dotychczasowe osiągniecia, znajomość języka angielskiego i merytoryczne przygotowanie do prowadzenia badań w określonej dyscyplinie.
Podstawowym zadaniem promotora jest wprowadzenie doktoranta do środowiska naukowego, monitorowanie postępów pracy, wspieranie aktywnego uczestnictwa w seminariach, konferencjach naukowych, stażach badawczych a także pomoc w pozyskiwaniu zewnętrznych źródeł finansowania badań oraz nadzór nad realizacją zadania naukowego zapisanego w Indywidualnym Planie Badawczym (IPB). Niezwykle ważna jest również pomoc w kształtowaniu postaw i umiejętności badawczych. Podczas procesu kształcenia doktorant nie tylko przygotowuje rozprawę, ale również uczy się specyfiki pracy naukowej, tak by umiał w przyszłości samodzielnie prowadzić badania, również we współpracy z innymi naukowcami, także z zagranicy. Z uwagi na powyżej opisane liczne zadania, na opiekę promotorską należy zarezerwować czas. Stąd też pracownik naukowy, zwłaszcza posiadający liczne zobowiązania musi wcześniej zanalizować swoje możliwości i dyspozycyjność. W chwili obecnej w MSD Uniwersytetu Medycznego w Łodzi można sprawować równoległą opiekę maksymalnie nad 3 doktorantami.
Podstawą dobrych relacji na linii promotor – doktorant jest stała komunikacja rozpoczynająca się często jeszcze przed rekrutacją do szkoły doktorskiej (koła naukowe, indywidualne formy studiów, konferencje naukowe). Takie wcześniejsze doświadczenia mogą dawać wyobrażenie, o jakości przyszłych relacji pomiędzy promotorem, a kandydatem na doktoranta.
Dobrym zwyczajem jest również określenie przejrzystych zasad współpracy. Należy jak najwcześniej doprecyzować oczekiwania obu stron, zarówno pod kątem naukowym, finansowym, dostępności czasowej, sposobu i częstotliwości kontaktu. Niezwykle ważne jest również wcześniejsze ustalenie udziału każdej ze stron we wspólnym dorobku naukowym.
Indywidualny Plan Badawczy (IPB) doktorant przygotowuje w uzgodnieniu z promotorem. Musi zawierać harmonogram badań i przygotowania rozprawy doktorskiej, sposoby osiągnięcia efektów 8PRK oraz termin złożenia rozprawy doktorskiej. Przygotowanie IPB winno być starannie przemyślane, ponieważ jego realizacja jest opiniowana podczas oceny śródokresowej, po II roku procesu kształcenia. Ewaluacja dokonywana jest przez komisję, w skład której wchodzą również pracownicy naukowi zatrudnieni w innych podmiotach naukowych. Ocenie poddawany jest zarówno doktorant, jak i promotor. W przypadku modyfikacji planów badawczych IPB może być aktualizowany.
W trakcie całego procesu kształcenia w Szkole Doktorskiej promotor powinien nie tylko monitorować postęp prac doktoranta ale również wspierać go na każdym etapie prowadzonych badań. Narzędziem pomocnym w weryfikacji zaplanowanych działań jest również coroczne zatwierdzanie sprawozdań.
Złożenie rozprawy doktorskiej kończy proces kształcenia w szkole doktorskiej i wymaga pozytywnej opinii promotora. Na podkreślenie zasługuje fakt, że doktorant składa rozprawę doktorską łącznie 2 razy; pierwszy raz na zakończenie procesu kształcenia w szkole doktorskiej (ten etap potwierdza uzyskanie efektów uczenia się dla kwalifikacji na poziomie 8 PRK a rozprawa pozostaje archiwum Szkoły Doktorskiej), drugi raz przy wszczęciu postępowania o nadanie stopnia doktora na zasadach określonych przez właściwą Radę Dyscypliny Uczelni
Z uwagi na fakt, że stypendium doktoranckie w szkole doktorskiej wypłacane jest jedynie przez okres 48 miesięcy, termin złożenia rozprawy doktorskiej powinien uwzględniać nie tylko harmonogram prowadzonych badań ale również ciągłość wsparcia finansowego doktoranta. Złożenie rozprawy doktorskiej tuż przed końcem 4 roku kształcenia, skutkuje że w trakcie kolejnych etapów przygotowywania się do obrony doktorant pozostaje bez środków finansowych. Doktorant, który złożył rozprawę doktorską w terminie wcześniejszym niż termin ukończenia kształcenia przewidziany w programie kształcenia, otrzymuje stypendium doktoranckie do dnia, w którym upływa termin ukończenia kształcenia, jednak nie dłużej niż przez 6 miesięcy.